畜禽养殖污染是畜禽养殖系统与生态环境系统的交互影响过程。畜禽养殖系统可能的环境污染源包括：①畜禽粪便中含有大量污染物质。②畜禽舍垫料、废饲料及散落的毛羽等固体废物污染。③矿物元素含量过高的饲料、兽药及添加剂的过量使用。④清洗畜禽体、饲养场地、器具产生的污水。⑤家畜呼出气和消化道排出的废气中含有二氧化碳、吲哚等恶臭气体。⑥畜舍内风机、清粪机、真空泵等机械运行的噪音。⑦病死畜禽体的非净化处理。这些污染源会对农村大气、水体、土壤、生物各圈层造成交叉立体影响。目前，畜禽养殖污染已经成为农业面源污染的主要来源。

        总体来看，在未来一段时间里，畜禽养殖污染会进一步加剧。第一，居民消费能力增长，消费结构升级，对畜禽产品需求会进一步提高，这是一个不可逆转的消费趋势。因此，必然导致畜禽养殖规模扩大和污染物排放量增加。第二，近年来，畜禽养殖专业化趋势越来越明显，畜禽养殖业与传统种植业日益分离，使得畜禽粪污资源化利用的可能性降低，大量粪污被直接排放入环境中。第三，畜禽养殖污染呈现“大面源”和“大点源”并现的特点。由于市场规则的调节，我国畜禽养殖业经营主体出现了转型。散养农户不断从畜禽业中退出；专业户，尤其是养殖大户越来越多；畜禽养殖企业得到稳步发展。大专业户和畜禽企业的“大点源”污染将会更加严重。同时，由于养殖大户带动，许多农户纷纷从事畜禽养殖，出现了大量专业户、专业村和专业乡，产业集群现象明显。此时，地域范围上的“大面源”污染也呈现出来。“大点源”污染和“大面源”污染在一定环境空间上并存，呈现“立体”污染形态，极大程度地加大生态环境压力。

        具体来看，城市畜禽养殖污染会逐渐减轻，但农村畜禽养殖污染会急剧恶化。前些年，养殖户考虑到市场和运输成本因素，大多将畜禽养殖场建在城市郊区，对城市和城镇环境造成了很大压力。这几年来，由于城市环保部门的作为，政府出台了一些管制措施，对防治畜禽污染起了很好作用。如北京市2001年规定，五环路以内的养殖场全部迁出或关闭，水源保护区、人口密集区附近、河流两侧的规模化养猪场也要全部退出。而且，一些畜禽企业和专业户考虑到环境违法成本和劳动力成本高的原因，正逐渐将养殖基地向城市外部和农村转移。因此，城市畜禽养殖污染会逐渐降低。但是，农村的情况就大为不同了。畜禽养殖业已经成为农村的支柱产业，是农业产业结构调整的重要途径，促进畜禽养殖业发展一直是农业部门的重要职责。许多农户由于增收考虑，也会将生产方向转移至畜禽养殖业。可是，由于农村畜禽养殖环境管理存在工作机制不顺、环境治理职能虚化、环境污染监测缺失的问题，农村畜禽污染治理工作总是滞后于农村畜禽产业发展。产业促进政策、养殖户逐利行为、畜禽污染治理滞后三者联动的结果是：农村畜禽养殖污染将会越来越严重。