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WikiGenes，真正适合科学家的维基（wiki）
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一、wiki现状
人们对维基（wiki）的印象，大约很多都是来自维基百科。作为目前互联网上最完善、参与人数最多的电子互动百科全书，维基百科几 乎成了wiki的代名词，它的成功不仅使其自己成为wiki家族中的一个标准，而且促使wiki这个基于web页面的协作系统在互联网上越来越受到欢迎。 wiki是一种全新的知识网络系统，目前已经在各个领域得到了广泛的应用。它和博客系统一样，正在慢慢地改变着人们的生活和工作方式。
wiki在科学领域也有不少的应用，比如在维基百科上，你能找到一些科学领域的名词解释以及概况介绍，有的也是挺详细，看上上去很有说服力。但它存在的一些问题会令科学家们对它望而却步：
二、什么是WikiGenes
Wikigenes是一个基于wiki的基因信息数据库，由瑞士的研究员、MIT的访问学者Robert Hoffmann博士领导开发。该数据库的网址为：http://www.wikigenes.org/ 。WikiGenes这个网站是建立在名为Mememoir 的项目上的。介绍该成果的文章目前已经发表在了著名的Nature Genetics杂志上（文章链接）。它的开发者还寻求将 Mememoir 开源的可能。Robert Hoffmann 说，这是后期会考虑事，目前正集中精力运行 Wikigenes 网站项目。
其区别于NCBI、EBI上不断增加但却未经合理组织的数据，Wikigenes以每个基因的功能与特性为提纲对基因进行描述，比如按与疾病的关系、生物 学上的关系、解剖学上的关系、与酶的作用、诊断学上的意义等等来分类描述，当然这些分类还可以更加详细、更加有针对性，这些内容部分是由计算机来完成（iHOP， 这是Robert Hoffmann参与的另一个相关项目），但大部分还是由网站的用户来参与编辑和完善的。在科学数据不断增加的今天，如果我们不对他们进行重新组织和整 理，那就意味着我们每次开始研究某一基因的时候，都需要重头开始查阅文献，组织和整理文献。而如果每个人都能够把查阅并组织整理文献的成果都放到web页 面上，那将节省多少宝贵的时间，减少多少无谓的重复劳动呀？
以上这些功能在普通的wiki如维基百科中也能实现，那么Wikigenes区别于维基百科的地方在哪里呢？
三、WikiGenes对科学家意义
1.科学家可以更容易获取经过组织的信息，而不需要长时间地迷失在浩瀚的数据检索中。并且，借助此网站的数据，你可以快速找到其引用来源，不用为数据的可靠性过于担忧了。
2.科学家可以将自己的成果系统地展示到WikiGenes的网站上，也将带来一种成就感。虽然在近期也许不会对自己在提升职称方面有什么帮助，但是远期来看，当科学家在网上的认可度逐渐累积后，将对其自身在该领域的声誉的提升会有很大帮助，这是一种无形的财富。
3.科学家通过对特定领域条目的编辑，通过互相的观察和沟通，很容易在同行创造合作的机会，这种合作对科学的发展的好处显而易见。
四、WikiGenes对发展科学2.0的启发
通过wiki系统，我们看到科学家们已经能够将自己已经发表的成果通过合理的组织，来展示到互联网上。根据Robert Hoffmann在他的文章里面介绍的，他们也会提供一种模式，那就是让
某 些条目只允许特定科学家编辑，而这些特定的科学家可以用协作作者的身份来共同创建和编辑该条目，在该条目中不光光是整理已经存在的观点，而是直接在 wiki上发表原创的、有创新性的观点和数据。这一点也正可以切入到科学2.0的开放性的模式上面来：科学家在文章发表之前，就将自己的数据和部分结论提 前发表到互联网上，供其他同行评价和讨论，然后再正式发表文章。而wiki页面上面的历史记录将被用来证实科研发现的先后顺序，以在发生剽窃事件时作为证 据，来保护科学家的知识产权。另外，根据发表在网站上面的数据量以及质量，协作作者的贡献多少也将的到体现，这为文章正式发表后相关作者在文章中的排序提 供了一定的依据。
当然，从目前情况来看，实现科学2.0可谓还路漫漫兮，但笔者认为，只要们能够不断地上下求索，它一定会离我们越来越近的。
WikiGenes教程视屏：点此链接
参考文献：
https://blog.sciencenet.cn/blog-74774-38113.html
下一篇：被Pubmed收录，在线多媒体期刊JoVE堪称学术期刊领域的里程碑
人们对维基（wiki）的印象，大约很多都是来自维基百科。作为目前互联网上最完善、参与人数最多的电子互动百科全书，维基百科几 乎成了wiki的代名词，它的成功不仅使其自己成为wiki家族中的一个标准，而且促使wiki这个基于web页面的协作系统在互联网上越来越受到欢迎。 wiki是一种全新的知识网络系统，目前已经在各个领域得到了广泛的应用。它和博客系统一样，正在慢慢地改变着人们的生活和工作方式。
wiki在科学领域也有不少的应用，比如在维基百科上，你能找到一些科学领域的名词解释以及概况介绍，有的也是挺详细，看上上去很有说服力。但它存在的一些问题会令科学家们对它望而却步：
- 参与这些条目编辑的人是谁，我们并不知道，他们是科学家，也许又不是。为了确保条目的中立性，维基百科采取了这种匿名修改的方式。但这对科学家来说，这并不是好事，这就意味着你不能完全相信该信息来源的可靠性，而对科学研究而言，这种可靠性是有重大意义的。
- 虽然维基百科也有良好的参考文献编目功能，也有历史版本记录。但是我们可以想象，当这个条目被不同的人编辑了若干次之后，这种参考文献编目将陷于混乱，而历史版本记录对你找到某个论断的具体来源也是帮助甚微。
- 著作权问题上，如果成果被大量引用，而其作者来源不能被很好的标注出来，这会造成发表这些成果的科学家的贡献不能被人们很好的认识，对这些科学家来说这是非常不公平的。要知道，对科学家来说，能被其他科学家以及大众所认同，是其赢得声誉的重要来源之一。
二、什么是WikiGenes
Wikigenes是一个基于wiki的基因信息数据库，由瑞士的研究员、MIT的访问学者Robert Hoffmann博士领导开发。该数据库的网址为：http://www.wikigenes.org/ 。WikiGenes这个网站是建立在名为Mememoir 的项目上的。介绍该成果的文章目前已经发表在了著名的Nature Genetics杂志上（文章链接）。它的开发者还寻求将 Mememoir 开源的可能。Robert Hoffmann 说，这是后期会考虑事，目前正集中精力运行 Wikigenes 网站项目。
其区别于NCBI、EBI上不断增加但却未经合理组织的数据，Wikigenes以每个基因的功能与特性为提纲对基因进行描述，比如按与疾病的关系、生物 学上的关系、解剖学上的关系、与酶的作用、诊断学上的意义等等来分类描述，当然这些分类还可以更加详细、更加有针对性，这些内容部分是由计算机来完成（iHOP， 这是Robert Hoffmann参与的另一个相关项目），但大部分还是由网站的用户来参与编辑和完善的。在科学数据不断增加的今天，如果我们不对他们进行重新组织和整 理，那就意味着我们每次开始研究某一基因的时候，都需要重头开始查阅文献，组织和整理文献。而如果每个人都能够把查阅并组织整理文献的成果都放到web页 面上，那将节省多少宝贵的时间，减少多少无谓的重复劳动呀？
以上这些功能在普通的wiki如维基百科中也能实现，那么Wikigenes区别于维基百科的地方在哪里呢？
- 完善的著作追踪系统。Wikigenes上面的任何成果、论断都可以精确定位到所引用的文章以及作者上。浏览者可以很清楚的看到这些话是哪个注册用户编辑的，以及来源于哪篇文章。这对鼓励原创、增加条目的权威性和可信度都是非常有益的。
- 声 誉评价系统。我们知道同行评阅在科学界是惯例。在wiki中，一般认为有兴趣阅读和编辑wiki相关条目的人的应该也是对该条目比较了解的人，或者也能称 之为该条目所属领域中的同行。那么这些人对科学家所作贡献的评价将是具有一定知识基础以及相对的客观性的。Wikigenes提供了这么一项功能，就是允 许和鼓励wiki读者以及编辑者对wiki条目中所涉及的作者的贡献进行评价。这种评价将给文章的作者带来一定的声誉。得到的认可评价越多，那么该作者在 该条目页面的作者排位栏中将更加靠前，这表明作者在该领域做出的贡献越大。
- 强大的科学术语跟踪系统。在线电子出版物和传统出版物相比， 其内容上的优势之一就是可以提供超链接，这样读者通过点击超链接就可以轻易地了解某些术语的解释以及相关资料了。在普通领域，一个术语缩写也许就只代表一 种意思，但在生物学和医学上，由于使用了大量的术语缩写，同一缩写代表多种含义的情况就屡见不鲜了，所以必须对这种缩写所代表的含义加以选择和甄别。 Wikigenes就提供了这样一个内链管理模式，通过编辑者的选择，科学术语能够准确地定位到其对应的含义上。
三、WikiGenes对科学家意义
1.科学家可以更容易获取经过组织的信息，而不需要长时间地迷失在浩瀚的数据检索中。并且，借助此网站的数据，你可以快速找到其引用来源，不用为数据的可靠性过于担忧了。
2.科学家可以将自己的成果系统地展示到WikiGenes的网站上，也将带来一种成就感。虽然在近期也许不会对自己在提升职称方面有什么帮助，但是远期来看，当科学家在网上的认可度逐渐累积后，将对其自身在该领域的声誉的提升会有很大帮助，这是一种无形的财富。
3.科学家通过对特定领域条目的编辑，通过互相的观察和沟通，很容易在同行创造合作的机会，这种合作对科学的发展的好处显而易见。
四、WikiGenes对发展科学2.0的启发
通过wiki系统，我们看到科学家们已经能够将自己已经发表的成果通过合理的组织，来展示到互联网上。根据Robert Hoffmann在他的文章里面介绍的，他们也会提供一种模式，那就是让
某 些条目只允许特定科学家编辑，而这些特定的科学家可以用协作作者的身份来共同创建和编辑该条目，在该条目中不光光是整理已经存在的观点，而是直接在 wiki上发表原创的、有创新性的观点和数据。这一点也正可以切入到科学2.0的开放性的模式上面来：科学家在文章发表之前，就将自己的数据和部分结论提 前发表到互联网上，供其他同行评价和讨论，然后再正式发表文章。而wiki页面上面的历史记录将被用来证实科研发现的先后顺序，以在发生剽窃事件时作为证 据，来保护科学家的知识产权。另外，根据发表在网站上面的数据量以及质量，协作作者的贡献多少也将的到体现，这为文章正式发表后相关作者在文章中的排序提 供了一定的依据。
当然，从目前情况来看，实现科学2.0可谓还路漫漫兮，但笔者认为，只要们能够不断地上下求索，它一定会离我们越来越近的。
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参考文献：
- A wiki for the life sciences where authorship matters Nature Genetics 40, 1047 - 1051 (2008) 作者：Robert Hoffmann
- Mememoir: A Better Wiki For Science ReadWriteWeb 作者： Frederic Lardinois
https://blog.sciencenet.cn/blog-74774-38113.html
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