辨证论治作为指导临床诊治疾病的基本法则，它引导人们辩证地看待病和证的关系，既应看到一种病常可体现出多种不同“证”，又须注意不同的病在其发展过程的某些阶段，有时可以出现相同的“证”。因此，在临床治疗时，还可以根据辨证结果，分别采取“同病异治”或“异病同治”等方法。
所谓“同病异治”，是指同一种疾病，由于生病的对象、发病的时间、地区以及患者机体反应等的不同，或者由于疾病处于不同的发展阶段，它的本质特点有所不同，表现的“证”也就有所差异，故治法也应该不一样。如水肿病，根据其本质特点，可以辨出多种证来，就脏腑而言，其主要涉及肺、脾、肾三脏；就其性质而言，既可以是虚证，又可以是实证；就病因而言，有风热、风寒和水湿等等；故同样是水肿病，合理的治疗就必须根据这些特点，采用不同的治法。这些，都体现了“同病异治”。
疾病是发展变化的，不同的疾病，在其发展过程中，往往可以表现出近似的本质特点，出现相同的病理机制，因此，就可采用相同的方法进行治疗，这就是“异病同治”。如泄泻、水肿是不同的病，但两病的发展过程中，都可以发展到以脾肾阳虚为本质特点的阶段。对于泄泻和水肿表现出脾肾阳虚之证的，就都可用温补脾肾的方法进行治疗。又如，久痢脱肛、子宫下垂、崩漏等是不同的病，但都可以是中气下陷的表现，这时，皆可以用升提中气的方法加以治疗。而且疗效也比较满意。这些体现了“异病同治’。
总之，中医治病主要的不是着眼于“病”的异同，而是取决于“证”的性质。相同的证，代表着类同的主要矛盾，可以用基本相同的治疗方法；不同的证，提示其本质特点不同，就必须用不同的治法。故有“证同治亦同，证异治亦异”的说法。由于“证”实质上代表着病机(疾病发生、发展与转化的机理)特点，故“同病异治”、“异病同治”的关键在于病机之异同。这种针对疾病发展过程中不同的机理和不同的本质矛盾，用不同的方法加以治理的法则，就是辨证论治的精神实质和精髓所在。
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