既然人们利用“健康”这一述语来评价河流生态系统的状态，那么应该从那几个方面来评价河流的健康状况呢？

　　我们知道，生态系统有三要索：一是生态系统结构；二是生态系统的功能；三是生态系统的物质和能量流。

　　河流生态系统的结构就是河流水系的结构、形态与空间分布特征等。在子系统的层面上，也有次一级的结构，例如河床，一般由洪水河床（河漫滩）和枯水河床、江心州，水下浅滩等组成。

　　河流生态系统的功能是多方面的。从总体功能的层面上，河流系统的存在是为了把地表径流输送到海洋，在次一级系统层面上，各子系统也有其特殊的功能，如湖泊的存在是为了调蓄洪季的水文过程，河漫滩是洪水河床，其功能是为了行洪。

        河流生态系统的物质和能量流，可从两个方面来考察：一是系统与外界的关系（输入和输出）。流域下垫面与大气发生一系列的相互作用（降水、蒸发等过程），其最终产物（径流，泥沙及其它物质）从陆地汇入河口和海洋；二是河流生态系统内部各子系统之间的物质和能量流，如干支流之间，湖泊和河流之间，上下游之间等。

　　必须指出，上述有关河流生态系统的讨论主要还是基于物理过程。河流生态系统的复杂性在于：在这一系统内部，还叠置了一个更为复杂的生物生态系统，它对河流生态系统有十分重要的影响，如流域内植被对水文过程的一系列影响。更为重要是人已成为生物生态系统的最重要组成部分，正在以前所未有的强度改变或影响着河流生态系统。变化着的河流生态系统又反过来影响人类的生存和发展。这也是当今人类开始关心河流生态系统健康状况的原因。