问题的提出，是来自由科研的实践。

对于某个领域的高被引论文的同被引聚类分析，已经成为我们这里比较常用的情报分析手段了；但是，这里还有很多问题，妨碍着这个方法成为情报咨询服务中的常规项目。其中，用于对聚类结果的分析，一直在困扰这我们：对于属于同一个类别的高被引论文，如何提炼出这个类别的主要内容呢？换句话说，如何给聚类分配一个“类标签”？

我们现在的做法是人工阅读，靠分析者的专业知识和思维能力（分析综合），来归纳和分析同一个类文章的共同特点，不同类文章的差异之处，其结果自然是因分析者的专业水平和分析能力而有很大的差异了。

能不能自动分类？答案是现成的：能。

可以提取出来这些文献的特征词（如主题词），进行频次的统计；或者进行向量空间模型甚至可能是潜在语义索引 （LSI），应该会表现出聚类文献的特征的：同类文献的相似之处与不同类之间的相异之处。【也许可以把这些类作为节点通过类间的特征分析，形成网络结构呢】

把自己开发的文献共现矩阵生成软件叫做BICOMS，在给研究生上选修课《文本挖掘在科研选题中应用》的时候试用，同学们总是问我，我们没有软件，课程结束后怎么办？其实我也没有想好这个软件将来怎么使用：是收费？还是全免费？还是开发网络版？还是注册后可以免费下载？

忽然有一位同事告诉我网上也有一个免费使用的文献计量分析的软件，免费下载。拿来用一用，功能和我的差不多，总归不是自己开发的，用起来还是不顺手。但是，英文说明书看过了，顺手就翻译过来了。把它上传到了CSDN的下载频道上了，竟然如石沉大海。所以就在这里再发一个吧：）

利用Bibexcel进行文献计量分析和引文分析快速指南

Alan Pilkington 【a.pilkington@rhul.ac.uk】

概述与安装

本人使用Bibexcel业已多年，一直向大家推荐这个工具。但是，总是被人们问及如何上手使用，每次拿它进行分析的时候，总是要回头再次读一读自己手写的笔记。所以，我感到有必要就如何利用Bibexcel进行文献计量分析写出一个介绍性的东西，希望能给大家提供有用的信息。如果有任何建议或者发现任何错误，请通知我。

【下面是我在中华医学会医学信息学学术年会上宣读的一篇论文的前言部分】

转化医学是指将基础研究人员和临床医生的研究成果整合起来，将其直接应用于病人身上，转化医学研究的目标就是探索如何跨越从实验室到病床的屏障。由于医疗实践的初衷就是尽可能多地利用知识和数据来治愈病人，所以转化医学不是什么新的概念，只是随着最近20年信息科学技术的发展，开展转化医学研究的条件愈发成熟起来。

特别是高通量分子技术的发展，产生了大量的、复杂的、而且是动态的数据，利用这些来自于基础科学实验室的数据的研究论文也越来越多，这些文献所提出的理论改变了我们对人类疾病的理解，并且对病人的治疗发挥了直接作用。因此说，高通量分子技术的进步给生物医学的发展带来了机遇，尤其是给转化医学(Translational Medicine)研究带来了新的契机。

如何开展转化医学研究？关键的步骤之一就是将来自实验室的基因表达数据与患者的临床特征衔接起来。

题目有点儿耸人听闻，其实就是我看《我的兄弟叫顺溜》的一个感悟。

总的感觉《顺溜》不如《士兵突击》好，具体而言就是好看，但不震撼，而这就是好莱坞商业大片经常带给我们的感受：看的时候很刺激，很过瘾，可是走出影院转眼就忘了，让你在观赏的那一刻在器官上满足就可以了；不想欧洲电影那样，看过多日还要时时想起来片中的场景。这就是观赏性和思想性的差别了。当然，现在的年代，据说大多数人只想放松，不想深刻，所以好莱坞的娱乐至上还是大行其道的。

顺溜是个神射手，这让我们期待并获得了很多的精确射击后的快感；三营长很搞笑，这也让我们在艰苦中看到了轻松；没有许三多的磨难与漫长的成长过程，让我们直接喝到用从动植物中提取的精华汤料加开水冲出来的美味。我们可以陪着许三多一起哭，一起笑，但是和顺溜，只是一起笑了。

当我们越来越习惯这种娱乐、生活乃至思维的方式的时候，我们就准备好了接受这种异域思想和文化，我们乐呵呵地被侵略了。

小沈阳说，人生最大的痛苦是什么？曰：钱还在，人没了。

据说，恋人间最大的痛苦是两人近在咫尺，心却隔着万水千山。

信息分析预测行业最大的痛苦是什么？是不知道你在想什么。

这个你，就是我们的用户，我们的上帝。

正在进行着一个规制（卫生监督管理）方面的情报调研项目，任务书上写的很清晰：

承接课题的研究者要求全面收集该研究领域的相关文献，并进行情报学分析，理清国际上该领域的研究进展；

一直以来都是在象牙塔里搞研究，方法上比较孤芳自赏：找到相关文献，高频主题词共现聚类分析，高被引论文的同被引聚类分析，2-3天，就可以完成数据处理：这是我们最拿手的，也是完成这个任务最合适的，窃以为。所以就试着投了一份标书，结果还真的中了。好了，那就开工吧。

结果这个项目耗费了我在美国半年留学的一半时光，我是说，我上了班，几乎是半天用于处理国内的这个项目，到现在还在写报告。为什么呢？因为我不知道我的上帝到底想要什么。